Область, де розташоване місто Глодень, була заселена людьми з найдавніших часів.На південь від Глодень археологи виявили залишки поселення доби енеоліту.Його жителі займалися землеробством, виготовляли знаряддя праці з каменю, кісток і дерева, гончарні посудини.Керамічні судини були прикрашені різними орнаментами.Знайдено також руїни дерев’яних будинків, обмазаних глиною.На північний захід від Глодень виявлені сліди поселення пізньоримських епохи з будинками, плетений каркас яких обмазаний глиною.Це селище проіснувало до навали мігруючих племен IV століття.
Точна дата заснування Глодень не відома.Перша документальна згадка про це поселення відноситься до 1673 році.Через століття, в 1762 році, Глодень перебували у власності монастиря Четецуя.У 1812 році частина маєтку Глодень перейшла у володіння Манолаке Андрієш, а до 1817 року він володів уже трьома чвертями села.У 1859 році в Глодень налічувалося 79 будинків і 430 жителів: 234 чоловіки і 196 жінок.У 1870 році в селі було 83 будинки і 393 жителя, які володіли 52 кіньми, 208 головами великої рогатої худоби та 217 голів овець.Село мало в своєму розпорядженні трьома водяними, однієї парової і однієї вітряної млинами.У 1788 році в Глодень була освячена дерев’яна церква, а в 1861-му відкрилася парафіяльна школа.У 1893 році побудовано нову церкву, яка в 1905 році була відремонтована зусиллями священика Георгія Георгіана.
Згідно Бессарабському статистичному словнику, в 1923 році Глодень були селом у складі повіту Белць і налічували 288 господарств і 2703 жителя.У 1940 році радянська влада зареєстрували в Глодень 3960 жителів.У 1967 році Глодень надано статус селища міського типу.Тоді в населеному пункті проживало 6803 людини.Райцентр ріс, його промисловий потенціал зміцнювався.У Глодень відкрилися спеціалізований завод з виробництва ефірних олій (лавандова, рожеве, шавлієва, м’ятна олії), консервна фабрика, цукровий завод, державне лісове господарство, автобаза, механізована будівельна колона та ін У 1985 році Глодень поріднилися з українським містом Шаргород, а в 1990-му – з румунським містом Ботошани.Місто Глодень є адміністративним центром району з цією ж назвою, населення якого налічує понад 11 000 чоловік.В даний час населений пункт приймає участь в діяльності Єврорегіону «Верхній Прут».